> CheckBoxXokumn 
DataGridViewCheckBoxColumn や
DataGridViewCheckBoxCell の事でしょうか。

データバインドしているのであれば、バインド元の DataTable に対して、
Boolean 型の列を設けておくのが、最も手間がかからないと思います。(Linq との相性も良い)
この場合、DataGridView1.Rows を列挙するのではなく、
バインド元の DataTable の Rows を列挙するようにします。


バインドしなくてもできなくは無いですが、DataGridView の列をクリックしてソートされた場合、
どっちにていも行番号単位では取得できず、DataGridViewRow に遡って
各セルを参照しなおす必要がありますね。


> うまく処理できません。
どう処理しているかにもよりますが、2 つ確認したい点が。


(1) RowHeadersVisible を True にしておいた場合、各行の左端にある行ヘッダー列は、
　[ ▶ ] になっていますか? それとも
　[...🖊] になっていますか?
　後者は値が確定する前なので、前者の状態にしてからアクセスする必要があります。
　
(2) 実際、DataGridView1("mark", rowIndex).Value から返される Object 値は何になっていますか?
　DBNull.Value なのか、Nothing なのか "" なのか True なのか "True" なのか 1 なのか…。
　データ型も重要なところなので、TypeName 関数などで確認してみてください。