紹介した英語スレッドで、SetProcessDPIAware API についても言及されていますが、
> Bottom line, avoid this API.
と書かれていますね。
「結論として、このAPI（を利用すること）は避けてください。」だそうで…。

.manifest による DPI 仮想化の有効/無効、コントロールの種類ごとの注意点など、
いろいろ纏められていますが、高 DPI が原因のズレだとしたら、すべてを解決できる
“銀の弾” は存在せず、幾つかの対応策を組みあわせて対処する必要がありそうです。


とりあえず、exe のプロパティの「互換性」タブから、互換モードの指定や、
高DPI設定を試してみるのはどうでしょう。もしかしたら、問題を幾らか軽減できるかもしれません。

※互換性タブの内容は OS のバージョンによっても異なるので、
　どう指定すべきかは一概には言えません。実際に試してみてください。