魔界の仮面弁士 さま、ご回答ありがとうございます。
System.IO.File.GetAttributes(filename) で属性の種類のみを見ていたため気づかなかったようです。
値そのものをチェックしてみると違うようですので、それで判断できそうです。
ただ、値の違いが何を意味するかは不明ですが…。
サイズは実態なしの方はプロパティではディスク上のサイズがゼロのために調べたものです。
また、開発アプリ名の記述には注意いたします。ご指摘ありがとうございました。

以下、チェック内容をご報告いたします。

実体あり
C:\Users\user\OneDrive\Pictures\PhotoWork\271_0906\IMGP3789.JPG
Attributes=00080020
Size=13704153Byte
Archive:True
Compressed:False
Device:False
Directory:False
Encrypted:False
Hidden:False
IntegrityStream:False
Normal:False
NoScrubData:False
NotContentIndexed:False
Offline:False
ReadOnly:False
ReparsePoint:False
SparseFile:False
System:False
Temporary:False
実体なし
C:\Users\user\OneDrive\Pictures\MyPhoto\DCIM\271_0906\IMGP3789.JPG
Attributes=00400020
Size=13704153Byte
Archive:True
Compressed:False
Device:False
Directory:False
Encrypted:False
Hidden:False
IntegrityStream:False
Normal:False
NoScrubData:False
NotContentIndexed:False
Offline:False
ReadOnly:False
ReparsePoint:False
SparseFile:False
System:False
Temporary:False

以上