しかとは確認していませんが、Request.Form.AllKeysに値が設定されるかどうかはブラウザーが値を送信するかどうかなので、チェックしていないチェックボックスはそもそも値を送信してくれないのかもしれません。
これは間違っているかもしれませんが、どちらにしてもRequest.Form.AllKeysを使って通常のロジックを書くことはよろしくなく、テキストボックスやチェックボックスの値を取得するにはTextプロパティやCheckプロパティを使用するべきです。

GridViewのFooterRowプロパティでFindControlすると、フッターに配置してあるコントロールに直接アクセスできます。
※フッターに限らずGridView内に配置されたコントロールにプログラムからアクセスするにはこのような階層構造を利用します。
下記サンプルは値の取得までですが、ここまでできれば更新処理は別問題ですよね。

VB

Public Class WebForm1

    Inherits System.Web.UI.Page



    Protected Sub GridView1_RowCommand(sender As Object, e As GridViewCommandEventArgs) Handles GridView1.RowCommand



        If e.CommandName = "AddNew" Then

            Dim xId As String = DirectCast(GridView1.FooterRow.FindControl("txtFooterXID"), TextBox).Text

            Dim xName As String = DirectCast(GridView1.FooterRow.FindControl("txtFooterXName"), TextBox).Text

            Dim xBit As Boolean = DirectCast(GridView1.FooterRow.FindControl("txtFooterXBit"), CheckBox).Checked



            MsgBox(String.Format("xId={0}, xName={1}, xBit={2}", xId, xName, xBit))

        End If



    End Sub

End Class



Public Class DataBaseReader



    Public Function OpenData() As DataTable

        Dim table As New DataTable

        table.Columns.Add("XID", GetType(Integer))

        table.Columns.Add("XName", GetType(String))

        table.Columns.Add("XBit", GetType(Boolean))



        table.Rows.Add(1, "徳川家康", True)

        table.Rows.Add(2, "織田信長", False)

        table.Rows.Add(3, "豊臣秀吉", False)



        Return table

    End Function

End Class

長くなるので回答を分割します。