そこまでできているのなら、Clickと同じようにMouseDownとMouseUpもできますよ。

Imports System.Windows.Forms

Imports Microsoft.Win32

Imports System.Drawing

Imports System.Drawing.Imaging

Public Class Form1

    Private testButtons() As System.Windows.Forms.Button

    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load



        'ボタンコントロール配列の作成（ここでは5つ作成） 

        Me.testButtons = New System.Windows.Forms.Button(4) {}



        'ボタンコントロールのインスタンス作成し、プロパティを設定する 

        Me.SuspendLayout()

        Dim i As Integer

        For i = 0 To Me.testButtons.Length - 1

            'インスタンス作成 

            Me.testButtons(i) = New System.Windows.Forms.Button

            'プロパティ設定 

            Me.testButtons(i).Name = "Button" + i.ToString()

            Me.testButtons(i).Text = i.ToString()

            Me.testButtons(i).Size = New Size(30, 30)

            Me.testButtons(i).Location = New Point(i * 30, 10)

            'イベントハンドラに関連付け 

            AddHandler Me.testButtons(i).Click, AddressOf Me.testButtons_Click

            AddHandler Me.testButtons(i).MouseDown, AddressOf Me.testButtons_MouseDown

            AddHandler Me.testButtons(i).MouseUp, AddressOf Me.testButtons_MouseUp

        Next i



        'フォームにコントロールを追加 

        Me.Controls.AddRange(Me.testButtons)

        Me.ResumeLayout(False)

    End Sub

    Private Sub testButtons_Click(ByVal sender As Object,

        ByVal e As EventArgs)

        'クリックされたボタンのNameを表示する 

        MessageBox.Show(CType(sender, System.Windows.Forms.Button).Name)

    End Sub



    Private Sub testButtons_MouseDown(sender As Object, e As MouseEventArgs)

        DirectCast(sender, Button).BackColor = Color.Red

    End Sub



    Private Sub testButtons_MouseUp(sender As Object, e As MouseEventArgs)

        DirectCast(sender, Button).BackColor = Color.Blue

    End Sub

End Class

直ぐに試せるサンプル付きだったので、簡単に回答できました。