> ※１から※３の、それぞれ単独で描く時とも形が違うようで、

具体的にはどのように違うのでしょうか?

そもそもどういう図形を描画したいのかが分からないので、
比較画像を貼っていただいた方が良さそうです。

とりあえず、ストロークとしてプロットされたのは、下記の座標ですね。
💚※１系統が緑
🤎※２系統が茶
💙※３系統が青




提示頂いたコードですと、Bézier 曲線が有効になっているのは、
結局 ※３ だけのようですが…それは意図的にそうしているのでしょうか?


元のコードは With 句の使い方が不自然で読み辛かったので、少し整理して書き直してみました。

Option Explicit



Private greenPoints() As Long

Private bluePoints() As Long

Private brownPoints() As Long



Private Sub CommandButton1_Click()

    InkPicture1.AutoRedraw = False

    InkPicture1.Ink.DeleteStrokes   '←クリア処理（元コードには無かったもの） 

    InkPicture1.Ink.CreateStrokes().Add InkPicture1.Ink.CreateStroke(greenPoints, Null)

    InkPicture1.Ink.CreateStrokes().Add InkPicture1.Ink.CreateStroke(bluePoints, Null)

    With InkPicture1.Ink.CreateStrokes()

        .Add InkPicture1.Ink.CreateStroke(brownPoints, Null)

        Dim DrawingAttributes As InkDrawingAttributes

        Set DrawingAttributes = InkPicture1.DefaultDrawingAttributes.Clone()

        DrawingAttributes.FitToCurve = True

        .ModifyDrawingAttributes DrawingAttributes

    End With

    InkPicture1.AutoRedraw = True

End Sub



Private Sub UserForm_Initialize()

    greenPoints = MakePoints(4400, 0, _

                             6600, 2200, _

                             8800, 4400, _

                             6600, 6600, _

                             4400, 8800, _

                             2200, 6600, _

                             0, 4400, _

                             2200, 2200, _

                             4400, 0)



    bluePoints = MakePoints(0, 0, _

                            8800, 0, _

                            8800, 8800, _

                            0, 8800, _

                            0, 0)



    brownPoints = MakePoints(0, 0, _

                             4400, 0, _

                             4400, 4400, _

                             0, 4400, _

                             0, 0)

End Sub

描画結果はこうなりますね。
（この画像はストロークを識別できるよう、DrawingAttributes.Color も設定したものです）





FitToCurve = True を、※１、※２、※３ すべてに指定するとこんな感じ。




FitToCurve = True をいずれにも指定しないとこうなります。