初めまして。
SelectActiveFrameメソッドを知らなかったのですが、MSDNを読んだらその動きが正しいようです。
前のフレームに加えられた全ての変更が破棄されます。

＞参考URL
https://docs.microsoft.com/ja-jp/dotnet/api/system.drawing.image.selectactiveframe?view=dotnet-plat-ext-3.1

DobonさんにBitmapDecoderを使った例がありました。
一度、ここのサンプルを試し、改良で要望を満たせないかご確認ください。
詳しくはdobon BitmapDecoder マルチTIFFでググってください。