RegisterStartupScriptはページ表示時に実行するJavaScriptを指定する機能です。
<script>タグも付けて何かしらJavaScriptの命令を書く必要があります。

たとえば、次の例では、JavaScriptのalertを使ってメッセージをポップアップ表示します。

Dim message As String = "XXXXXXXXXXXXXXXままでよろしいですか？"

Dim js As String = "<script>alert('" & message & "');</script>"

Me.ClientScript.RegisterStartupScript(Me.GetType, "MsgBox", js)

ポップアップではなく、ページの一部として単発のメッセージを表示したい場合、Labelコントロールを使うのがシンプルです。