「新規コンソール」への出力の場合、コマンドプロンプトから起動した場合も、
現在のコンソールではなく、新しいコンソールに対する出力になります。


> 最後にFreeConsoleを呼び出す（これもDLLImport必要）、
> という感じで良いでしょうか？

そうですね。DllImportAttribute 属性でも良いですし、Declare ステートメントでも構いません。

http://rucio.cloudapp.net/ThreadDetail.aspx?ThreadId=26973

※上記で、「Public Function () As Boolean」となっている箇所は
　「Public Function FreeConsole() As Boolean」の書き間違いです。