返答ありがとうございます。

＞ぴよさん

ComboBox2.SelectedIndex = 0
にて結果的に選択されているアイテムは戻るのですが、その際にSelectedIndexChangedイベントが発生してしまいます。
質問には書いてなかったので申し訳ないのですが、SelectedIndexChangedイベントにて処理していることがあった為、少し問題がありました。

＞魔界の仮面弁士さん

BindingContextというものが初耳でしたので、そちらで選択状態が管理されているということを知りませんでした。
DataSourceを設定する前に

If BindingContext.Contains(d1) Then BindingContext(d1).Position = -1

ComboBox2.DataSource = d1

といった形で、選択状態をリセットすることができました。