アプリにはいろいろな名前があり、どこを指しているかによって回答が変わります。

Windowsフォームアプリケーションの場合と考えて回答します。

・ウィンドウのタイトルは Form の Textプロパティで変更できます。
・exeファイルの名前はアセンブリ情報のタイトルで変更できます。
アセンブリ情報のタイトルを変更するには、プロジェクトのプロパティで「アプリケーション」ページの「アセンブリ情報」ボタンをクリックします。

・exeファイルの名前はWndowsのファイル名変更機能を使ってexeファイル名を直接名前変更することでも変更できます。

・MsgBoxで表示されるメッセージボックスのタイトルもアセンブリ情報のタイトルで変更できます。
・MsgBoxで第３引数を指定している場合は、第３引数で指定された値がメッセージボックスのタイトルになります。
・MessageBox.Showで表示されるメッセージボックスでは、caption引数で指定した値が、メッセージボックスのタイトルになります。
・例外発生時に表示されるエラーのポップアップのタイトルは、FormのTextプロパティで変更できます。

・exeファイルを右クリックしてプロパティで見られる製品名はアセンブリ情報の製品欄で変更できます。