デスクトップのショートカットからアプリケーションが起動できなくなるケースがあり、原因がわからなく困っています。

具体的には PC の再起動を伴うような Windows Update での更新後に必ず発生します。
インストール先のフォルダ内にあるファイルなどは消えておらず、exe ファイルから直接起動はできますが、デスクトップにあるショートカットからは起動できなくなってしまいます。

アプリケーションを一度アンインストールして、再度インストールすることで問題は解消しますが、条件が条件なので、何が原因なのか調査の方法もわかりません。

対処の糸口だけでも構いません、なにかヒントをお持ちの方がいらっしゃいましたら教えて下さい。