> 重要なのはウィンドウの有無だけです。

ウィンドウが存在していることを確認出来たら、それをプログラムから操作できるよう、
FindWindowEx API あるいは EnumChildWindows API などを使って、
対象のウィンドウを取得します。

もし、ウィンドウが存在していれば、それをサブクラス化して、
ホイール処理を受け取れるか調べてみましょう。
http://rucio.a.la9.jp/main/tyukyu/tyukyu9.htm


> DirectInputのVB6のサンプルをご存じであればご教示頂けないでしょうか？
VB6 からだと、ここの「VBでマウスジェスチャ」とかですかね。
(1) と (2) が VB6 向け、(3) が VB.NET 向けです。
http://konbiki.starfree.jp/Old/index.html