「Cursor = Cursors.WaitCursor」とありますが、これは
自フォームに対する「Me.Cursor = Cursors.WaitCursor」の意味なので、
該当ウィンドウの指定は、あくまでも Me (自フォーム) のみとなります。

親フォームのカーソルも変えたいのなら、親フォームの Cursor プロパティも操作せねばなりません。

かわりに「Cursor.Current = Cursors.WaitCursor」という書き方を試してみてください。
https://dobon.net/vb/dotnet/form/cursorcurrent.html

この場合、左辺の Cursor は Me の Cursor プロパティという意味ではなく、
System.Windows.Forms 名前空間の Cursor クラスを意味します。