list にだけ項目を追加したいのならこのような感じです。
最初の例ではObjectとしていた型を操作しやすいようにIEnumerable(Of String)等に変更しています。

Dim content As New Dictionary(Of String, Dictionary(Of String, IEnumerable(Of String)))



content.Add("list", New Dictionary(Of String, IEnumerable(Of String)) From {

            {"grouplist", {"fruit", "animal", "flower"}},

            {"fruit", {"リンゴ", "バナナ", "イチゴ"}},

            {"animal", {"イヌ", "ネコ", "ウサギ"}},

            {"flower", {"バラ", "ユリ", "キク"}}

         })



content.Add("list2", New Dictionary(Of String, IEnumerable(Of String)) From {

            {"grouplist", {"fruit", "animal", "flower"}},

            {"fruit", {"リンゴ", "バナナ", "イチゴ"}},

            {"animal", {"イヌ", "ネコ", "ウサギ"}},

            {"flower", {"バラ", "ユリ", "キク"}}

         })



'list に要素を追加 

content("list")("grouplist") = content("list")("grouplist").Append("planet")

content("list").Add("planet", {"Earth", "Mars", "Jupiter"})





Dim jsonText As String = JsonConvert.SerializeObject(content, Formatting.Indented)



Debug.WriteLine(jsonText)

list と list2 の値を連動させたい(=同じ１つの実体を指すようにしたい)のであれば次のような感じです。

Dim content As New Dictionary(Of String, Dictionary(Of String, IEnumerable(Of String)))



Dim manifest = New Dictionary(Of String, IEnumerable(Of String)) From {

            {"grouplist", {"fruit", "animal", "flower"}},

            {"fruit", {"リンゴ", "バナナ", "イチゴ"}},

            {"animal", {"イヌ", "ネコ", "ウサギ"}},

            {"flower", {"バラ", "ユリ", "キク"}}}



content.Add("list", manifest)

content.Add("list2", manifest)



manifest("grouplist") = manifest("grouplist").Append("planet")

manifest.Add("planet", {"Earth", "Mars", "Jupiter"})





Dim jsonText As String = JsonConvert.SerializeObject(content, Formatting.Indented)



Debug.WriteLine(jsonText)