私が試している限りでは画像の大きさが変わるということはありません。
PictureBoxになにかプロパティを設定しているとか、別の処理が介在しているとか、何かありませんか？

新規にWindowsフォームアプリケーションを作成し、Button1, Button2, PictureBox1, PictureBox2, NumericUpDown1 を貼り付けて、プログラムを貼り付けて実行すると同じサイズで表示されるということはないでしょうか。