>ソリューションエクスプローラーでプロジェクトを右クリック。
>「追加」「参照」で「参照マネージャー」が開きました。
>「プロジェクト」からプロジェクトの追加ができました。
.NET Frameworkを使用されているのでしたね。
それであれば、このやり方になります。

>どうすれば良いでしょうか？
再現手順がわかれば私もやってみるのですが、英人さんのソリューションがどのような状態かもわからずアドバイスしにくいです。(プロジェクトがいくつあってどういう参照状態になっているのかもわからないです。)


この状況を前提にすると、私からの提案はここのコメントに書いた通りです。
http://rucio.cloudapp.net/ThreadDetail.aspx?ThreadId=30627#CommentId84608

とにかく、シンプル化して、切り分けていくことになります。
たとえば、エントリポイントとなっているのはWindowsフォームアプリケーションのプロジェクトですよね？
このプロジェクトだけのソリューションを作成し、他のプロジェクトに依存している部分はすべてコメントにするなどします。
そして、このプロジェクト単体できることをまず確認します。
次に、依存しているプロジェクト(クラスライブラリ？)のうち１つをソリューションに追加し、Windowsフォームのプロジェクトから参照設定します。
追加したプロジェクトはほとんどをコメント化し、１機能だけ(数行レベル）を残します。この1機能をWindowsフォームのプロジェクトから呼び出せることを確認します。
うまくいけば、もう１機能試します。これを地道に繰り返します。
うまくいかなければ、追加したプロジェクトをソリューションからはずして再びWindowsフォームアプリケーションだけのソリューションにします。
そして、新規に空のクラスライブラリを追加し、適当な機能を記述してWindowsフォームアプリケーションから参照設定して呼び出せることを確認します。
うまくいけば、本来呼び出したいクラスライブラリから１機能だけ(数行レベル)をコピーして、この新規クラスライブラリに貼り付けて、うまく呼び出せることを確認します。

このような地道な作業を繰り返しているうちに何か気づきがあることと思います。