最近忙しくてあまり巡回できていなかったので、久しぶりに回答。


> 「A」だったら「U+0041」のように表す。と覚えていたのですが、
そうですね。 Unicode スカラー値は U+10FFFF のように
接頭辞「U+」を付けた4〜6桁で表記されます。

この場合の Unicode は、「文字コード」ではなく「文字集合」の意味になります。
http://office-qa.com/win/win243.htm

たとえば UCS-4 の U+010000 の文字 “𐀀” (Linear B Syllable B008 A) は、
　UTF-8 ⇒ F0 90 80 80
　UTF-16BE　⇒　D8 00 DC 00
　UTF-16LE　⇒　00 D8 00 DC
ですね。いずれも同じ文字ですが、符号化した時のバイナリ表現が異なります。


> Webなんかでは頭に「#」、末尾に「;」を付けて「#x0041;」のような表記があり、
具体的には、Web の『どこ』で使われていましたか?




> （2）又、前者（U+xxxx）は「コードポイント」と言うと思っているのですが、
言いますね。


> 後者（#xxxxx;）は何と呼べば良いのでしょうか？
x が 5 つですか? それとも、x の後に 4桁の 16進数ですか?
『どこ』で使われている表現なのか分からないと答えにくいです。

似ているのは HTML の文字参照ですが、この場合は頭に & が付くはずなのですよね。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%96%87%E5%AD%97%E5%8F%82%E7%85%A7

C# のエスケープ表現だと、「\u」 +4桁16進数 / 「\U」+8桁16進数 / 「\x」+1～4桁16進数でセミコロンは付きません。


> （3）コードポイントを一目見て、スカラー値が2バイト(&HFFFF)を超えているものは
> サロゲート文字と判断していいでしょうか？
エンコーディング次第なので、「文字コードによる」という答えになります。

UCS-4 の U+110000 以降の文字は、UTF-32 や UTF-16 や UTF-8 の文字コードでは表現できませんし、
U+10000 から U+10FFFF の範囲であっても、UTF-32 や UTF-8 ではサロゲートペアを使用しません。

UTF-16 では、UCS-4 にあって UCS-2 にない文字のうち、U+10000 から U+10FFFF の範囲をサロゲートペアとして表し、
ハイサロゲート(U+D800〜U+DBFF)とローサロゲート(U+DC00〜U+DFFF)の組み合わせで表現します。