単純にFormの前後関係を変える用途ではOwnerやTopMostは目的も違いますし使いにくいです。
BringToFrontメソッドはフォームを前に表示する機能なのでこれを利用するとよいと思います。

私ならこう書きます。

Form1

Public Class Form1



    Private Sub Button3_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles Button3.Click

        Dim f As New Message_Form

        f.MainForm = Me

        f.Show()

    End Sub

End Class

Message_Form

Public Class Message_Form



    Public Property MainForm As Form1



    Private Sub OK_Button_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles OK_Button.Click

        MainForm.BringToFront()

    End Sub

End Class

ちなみにMessage_Form側と SendToBack する方法もありますが、これだと一番後ろに回されます。