> 配列を配列に変換 
それはいったい、何のための変換ですか?

日本円を日本円に＜両替＞しているかのような違和感が…。


> 大量データを変換した場合
> どちらの変換を使用すべきですか？
重要なのは、「何のために変換したいのか」でしょうね。
まずは目的を明確にしてみてください。


たとえばデータの挿入や削除が頻繁になるのなら、配列ではなく List の方がずっと良いでしょう。
一方、固定データである場合は、列挙速度で言えば一次元配列に僅かに軍配があがります。

単に、IEnumerable<> を受け取るメソッドに渡すような時は、
そもそも変換自体が不要というケースもあります。

あるいは、加工無しでの部分抽出である場合は、C# 7.2 以降で Span<> を用いて、
元データのビューを取り出した方が、遥かに効率的となりえます。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/dotnet/standard/memory-and-spans/