こんばんは、検索でたどり着いた方用に
　あるＰＤＦのアノテーションを他のＰＤＦに平行移動する例を載せます。
　試作品なので、状況によってはエラーがでるかもしれません
　良かったら見てみてください

using System;

using System.Windows.Forms;

using iText.Kernel.Pdf;

using iText.Kernel.Colors;

using iText.Kernel.Pdf.Annot;

using Rectangle = iText.Kernel.Geom.Rectangle;



namespace WindowsFormsApp_PdfInkAnnoCS

{

    public partial class Form1Line31 : Form

    {

        public Form1Line31()

        {

            InitializeComponent();

        }

        private void button1_Click(object sender, EventArgs e)

        {

            String SRC = "C:ほげほげ/平行移動の元.PDF";

            int p = 1;

            PdfDocument pdfDoc3 = new PdfDocument(new PdfReader(SRC));

            PdfPage page2 = pdfDoc3.GetPage(p);

            PdfDictionary pageDict = page2.GetPdfObject();

            PdfArray annots = pageDict.GetAsArray(PdfName.Annots);

            if (annots != null)

            {

                for (int i = 0; i < annots.Size(); i++)

                {

                    PdfDictionary annodic = annots.GetAsDictionary(i);

                    changeDict(annodic, PdfName.InkList);

                }

            }

            pdfDoc3.Close();

        }

        public void changeDict(PdfDictionary annodic2, PdfName CNAME)

        {

            if (annodic2 == null)

            {

                return;

            }

            changeInk(annodic2, annodic2.GetAsArray(CNAME));

        }

        public void changeInk(PdfDictionary annodic3, PdfArray array)

        {

            if (array == null)

            {

                return;

            }

            PdfArray annodicRect = annodic3.GetAsArray(PdfName.InkList);

            PdfArray outer = new PdfArray();

            for (int k = 0; k < annodicRect.Size(); ++k)

            {

                PdfArray inner = new PdfArray();

                PdfArray inner2 = annodicRect.GetAsArray(0);

                for (int j = 0; j < inner2.Size(); ++j)

                {

                    inner.Add(new PdfNumber((inner2.GetAsNumber(j).FloatValue() + (float)120.0)));

                }

                outer.Add(inner);

                //outer.Add(inner);

            }

            String SRC2 = "C:/ほげほげ/平行移動先.PDF";

            String DEST2 = "C:/ほげほげ/平行移動結果.PDF";

            int p2 = 1;

            PdfDocument pdfDoc = new PdfDocument(new PdfReader(SRC2), new PdfWriter(DEST2));

            PdfPage page = pdfDoc.GetPage(p2);

            Rectangle rect = new Rectangle(0, 0, 0, 0);

            PdfInkAnnotation inkAnnotation = new PdfInkAnnotation(rect, outer);

            // Set arrow's border style 

            PdfDictionary borderStyle = new PdfDictionary();

            borderStyle.Put(PdfName.S, PdfName.S);

            borderStyle.Put(PdfName.W, new PdfNumber(3));

            inkAnnotation.SetBorderStyle(borderStyle);

            inkAnnotation.SetColor(ColorConstants.RED);

            inkAnnotation.SetTitle(new PdfString("iText"));

            inkAnnotation.SetContents("Hi welcome");

            page.AddAnnotation(inkAnnotation);

            pdfDoc.Close();

        }

    }

}