画面解像度は 100% ですか? それとも 125%、150% などの高解像度環境ですか?

手元の環境で、VisualBasic.PowerPacks.Vs を nuget して、
VS2022 上で試しましたが、最初の質問にあった Shape1 が
指定された通りの座標に表示されています。

Public Class Form1

    Public WithEvents Shape1 As Microsoft.VisualBasic.PowerPacks.RectangleShape

    Protected Overrides Sub OnLoad(e As EventArgs)

        Me.Shape1 = New Microsoft.VisualBasic.PowerPacks.RectangleShape()

        Me.Shape1.BackColor = System.Drawing.Color.FromArgb(CType(CType(255, Byte), Integer), CType(CType(255, Byte), Integer), CType(CType(192, Byte), Integer))

        Me.Shape1.BackStyle = Microsoft.VisualBasic.PowerPacks.BackStyle.Opaque

        Me.Shape1.BorderColor = System.Drawing.SystemColors.WindowText

        Me.Shape1.FillColor = System.Drawing.Color.Black

        Me.Shape1.Location = New System.Drawing.Point(200, 500)

        Me.Shape1.Name = "Shape1"

        Me.Shape1.Size = New System.Drawing.Size(100, 100)



        Dim ShapeContainer1 As New Microsoft.VisualBasic.PowerPacks.ShapeContainer()

        ShapeContainer1.Shapes.Add(Me.Shape1)

        Me.Controls.Add(ShapeContainer1)



        MyBase.OnLoad(e)

    End Sub

End Class