一応、自己解決です。
正式な方法ではないかもしれませんが、同時起動が可能になりました。
一方のアプリの設定を「単一インスタンスのアプリケーションを作成する（S)」のチェックを外しておくと起動できました。
同時起動が起きると困るアプリは変更していません。

以上、ご報告まで。