> 「Sub Main' が 'WinFormsApp1' で複数回宣言されています: WinFormsApp1.My.MyApplication.Main(Args As String()), WinFormsApp1.Module1.Main()」とのエラーが出ます。

WinFormsAppとあるので、プロジェクトを「Windows フォーム アプリ」として作成してしまったのでしょう。
Sub Mainを使う場合は、「コンソール アプリ」を選択してプロジェクトを作成する必要があります。