役に立つか分かりませんが、実験したもう一つを記載しておきます。
先ほどのソリューションとは別に、フォームを１つだけ持つソリューションを作りました。
プロジャクトに先ほどの独自のコントロールを参照設定し、フォームにコントロールを配置しました。
いったん閉じて再度立ち上げると、同じ警告がでます。
フォームを削除し、新たなフォームを追加します。
そのフォームに独自のコントロールとボタンを１個配置して閉じます。
閉じてから再度立ち上げると警告が出ずに、フォームが表示されました。
独自のコントロールも表示されています。

独自のコントロールは2005で作成したものをアップグレードしたもので、2005で作成していたものは普通に使用できていました。