まず最低限のコントールを作ってみて、ちゃんとデザインできるか試してみては？

Public Class CustomPictureBox

    Inherits PictureBox

End Class

これで現象が出るようなら環境が悪いかもしれません。開発環境のアップデートをしてみてください。
デザインできるようであれば、元のコントロールから少しずつ機能をコピーして試してみましょう。
現象が起きたところが原因です。