出遅れていますが……。


シリアライズしたい内容を一つのインスタンスにできないのですか。
例えば，Tuple(Of List(Of Stone(,)), List(Of Stone))型のインスタンスとかに。

複数回シリアライズ／デシリアライズした場合，それぞれのシリアライズ／デシリアライズにおいて，
本来共有されていたインスタンスが別のインスタンスに分離します。

Imports System.IO

Imports System.Runtime.Serialization.Formatters.Binary



<Serializable()>

Class Foo

    Private _value As Integer



    Public Sub New(value As Integer)

        _value = value

    End Sub



    Public Property Value As Integer

        Set(value As Integer)

            _value = value

        End Set

        Get

            Return _value

        End Get

    End Property



    Public Overrides Function ToString() As String

        Return String.Format("{{ Value : {0} }}", _value)

    End Function



    Shared Sub Main()

        Dim f1 As Foo, f2 As Foo

        f1 = New Foo(10)

        f2 = f1



        Console.WriteLine("初期")

        Console.WriteLine("f1 : {0} / f2 : {1}", f1, f2)

        f1.Value = 20

        Console.WriteLine("f1 : {0} / f2 : {1}", f1, f2)

        Console.WriteLine()



        Dim ms As MemoryStream

        Dim formatter As New BinaryFormatter



        ms = New MemoryStream()

        formatter.Serialize(ms, f1)

        formatter.Serialize(ms, f2)



        ms.Seek(0L, SeekOrigin.Begin)

        Dim f3 As Foo = DirectCast(formatter.Deserialize(ms), Foo)

        Dim f4 As Foo = DirectCast(formatter.Deserialize(ms), Foo)



        Console.WriteLine("独立")

        Console.WriteLine("f3 : {0} / f4 : {1}", f3, f4)

        f3.Value = 30

        Console.WriteLine("f3 : {0} / f4 : {1}", f3, f4)

        Console.WriteLine()



        ms = New MemoryStream()

        formatter.Serialize(ms, Tuple.Create(f1, f2))



        ms.Seek(0L, SeekOrigin.Begin)

        Dim t As Tuple(Of Foo, Foo) = DirectCast(formatter.Deserialize(ms), Tuple(Of Foo, Foo))

        Dim f5 As Foo = t.Item1

        Dim f6 As Foo = t.Item2



        Console.WriteLine("一括")

        Console.WriteLine("f5 : {0} / f6 : {1}", f5, f6)

        f5.Value = 30

        Console.WriteLine("f5 : {0} / f6 : {1}", f5, f6)

        Console.WriteLine()



        Console.ReadLine()

    End Sub

End Class

これを実行すると，

初期

f1 : { Value : 10 } / f2 : { Value : 10 }

f1 : { Value : 20 } / f2 : { Value : 20 }



独立

f3 : { Value : 20 } / f4 : { Value : 20 }

f3 : { Value : 30 } / f4 : { Value : 20 }



一括

f5 : { Value : 20 } / f6 : { Value : 20 }

f5 : { Value : 30 } / f6 : { Value : 30 }

となります。
f3.Valueの変更によってf4.Valueは変更されませんが，
f5.Valueの変更によってf6.Valueはf1/f2の関係と同じく変更されます。

これは単純な例ですが，オブジェクトのグラフを辿ると共有している可能性があるので，
基本的には一括でシリアライズ／デシリアライズした方が問題が少なくなると思います。