> 編集していたものは編集できるけれども、正しいソースでは無いということですね
ソースコードとして正しいかどうかは、ninさんが何を配置しているか次第なのでわかりません。
念のため補足しておきますと、配置先でのソースコードの直接編集がマイクロソフトが想定している使い方であるかどうかはわかりません。もしかすると、この方式でも何かうまいやりかたがあるのかもしれません。
ただ、私の周りではこのやり方でうまくやっている開発チームはなく、ほとんどの開発チームは、発行機能を使ってサーバーに配置するものを出力していました。

> 新しく発行したサイトのフォルダ　ファイル数は、旧のものから比べると、ものすごく多いです・・・。　旧は、xxxx.aspxと、xxxx.aspx.vb と、web.config  3個でした
あまり差があるようだとそれはそれで何かおかしいような…。
もう17年まえのことなので何が正しいかわからなくなっているようであれば十分にテストすることをお勧めします。

なお、ご利用になっている ASP.NET Webフォームは 2019年に更新が停止された技術で、現在新しくプログラムをするときにはまず採用されない技術です。
もし、作り変えや、別途新規Webアプリを作成されることがあれば、ASP.NET Core Razor Pages をお勧めします。または、ASP.NET Core Blazor。