Word のVBAはほとんど使ったことがないので、AIに簡単なサンプルを書いてもらって試しましたが、現象は発生しませんでした。

'コピー元のドキュメントを開く 

Documents.Open "C:\test\test.docx"

'コピー元のドキュメントを選択 

Selection.WholeStory

'選択したドキュメントをコピー 

Selection.Copy

'空のドキュメントを開く 

Documents.Add

'空のドキュメントに貼り付け 

Selection.Paste

実際に使用しているプログラムを貼り付けてもらえれば何かわかる人が出てくるかもしれませんね。プログラムもわからないし、現象が発生する場合としない場合の区別もわからないので、今の状態だと、目隠し状態で数独を解ける人を探しているのに似たようなものを感じます。

Wordのマクロ（VBA）でツールを作っていますが、最近はVSTOアドインも勉強中です。

さて、僕のマクロを使っている人から、

「クリップボード スタイル シートを記録すると多くのスタイルがコピーされます。標準スタイルを代わりに設定しますか？」

というメッセージが出るファイルがあり、この場合「はい」「いいえ」のどちらを選べばいいの？ということを言われました。

どうも、現在操作しているWordの全文を、あらかじめ用意していた空のWord文書にコピペで貼り付ける処理を行うときに出るようです。

僕のところではこのようなメッセージは見たことがないのですが、これは何でしょうか？
ちなみに、元のWordファイルにスタイルが設定されていたとしても、それは無視したいです。