.NET 3.5 は入っていて、VB2008 は入っていない段階でしたか。
とすると、一度クリーンな状態にまで戻さないといけませんね。

まず、.NET Framework 3.5 のアンインストールには、決められた順序があるようです。
http://d.hatena.ne.jp/himadatanode/20080207/p3

ただし、今回のパターンにおいて、どの順序で作業すれば良いのかは分かりません。
最初にアンインストールしていなければ、/ResetSkipPkgs で回復したのでしょうけれども…。

どうしても駄目な場合には、OS からインストールし直す事になってしまうかと思います。