シェアウェアであれば、パスワード等、お金を払ったときに作者から渡されますので、それを入力しないと起動しないとかそういう感じですね。
有償DLソフトの場合、一切サポートが無いとかそういう感じですね。
ただし、同じ人が複数PCにインストールするとかもあるので、初回起動時にインターネット経由で認証を受けるとかそういうのもあります。
ゲームなんかだと、起動時に元のオリジナルCD/DVDが入ってないと起動しないとかそういうのもありますよ。
（もちろんそのCD/DVDには簡単に複製が出来ないプロテクトと呼ばれる方法があって、例えば、通常は作られない不正なセクタがあるとか、そういったのでオリジナル判断をしてたりします）

いずれにしても、いろいろと考えてはいるようですが、結局、利用者のモラルも問われる部分ですね。

> XPの入っているPCのハードディスク内のWindowsフォルダを探して、
> それをディスクに焼いて、
> さらにそれをVISTA機にコピーしようとしたわけです。

VISTAだって、Windowsってフォルダ使ってるから上書きされてダメだと思いますが。
VISTAを使えなくしたい？
（Windowsの場合、それ以外にもレジストリやSAM?とか言うのが関係していたりします。）

あと、マイクロソフトの使用許諾として、「元のCDから、同時に利用可能なPCには一回だけインストールできる」みたいなかんじで、要は、「他のPCにインストールしたら、元のPCのOSは削除しろ」との意味ですね。（厳密には他のPCにインストールしてはダメ、とかある。メーカー製PCなんかがそう。）

ちなみに、今回書かれたようなXPコピーなど、本来の正規な利用方法以外の目的によるソフトウェアのコピーですが、そういう事をすることによる経済的損失が日本だけで年間数千億円だったか、そんなことを毎年どっかでニュースが出ますね。

とりあえず、「悪い使い方を可能にする方法」はここではもらえないでしょうが、今回のように「そうさせないためにどういった方法があるか」というのは、質問内容としてはいい質問でしょうね。


ちなみに、昔ある場所で、USB認証機械を取り付けないと起動できないソフトというのを見たことがあります。