セットアッププロジェクトに関する公式のドキュメントは
MSDN: Windows インストーラ配置のタスク
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ybshs20f(v=VS.90).aspx
になるでしょうか。この中でも，
MSDN: 方法 : 配置プロジェクトに項目を追加する
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/z11b431t(v=VS.90).aspx
が中心になると思います。

SetupプロジェクトによるWindows Installerによる配置と，ClickOnce配置 (発行によるもの) の違いは，
MSDN: 配置ストラテジの選択
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/e2444w33(v=VS.90).aspx
や，少し古いですが，
MSDN: ClickOnce と Windows インストーラの使い分け
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms973805.aspx
を参考にしてください。
後者には，比較表がありますので，参考になるかとおもいます。


ちなみに，Windows Installer作成方法としては，他にWiXというものもあります。
SITE: Windows Installer XML (WiX) toolset
http://wix.sourceforge.net/
ただし，これによる作成はSetupプロジェクトより格段に難しくなりますが，その分，柔軟性があがります。
これに関しては，公式ドキュメントの他に，
SITE: WiX Tutorial — Introduction to the Windows Installer XML Toolset
http://www.tramontana.co.hu/wix/
およびsoftark.netさんが翻訳された
SITE: WiX チュートリアル (日本語訳) — Windows Installer XML ツールセット入門
http://www.softark.net/wix/index.html
というチュートリアルがあります。