レジストリ設定が間違っていたりはしませんか? （ファイル名の指定ミスなど）

試しに、
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main\FeatureControl\FEATURE_BROWSER_EMULATION
に対して 0x00002af8 (11000) あるいは 0x00002af8 (11001) なエントリーを加えて試してみたところ、
問題なく地図が表示されることを確認できました。


念のため、WebBrowser が IE11 モードになっているかどうかを確認するために
下記を実行してみてください。出力されるページの HTTP_USER_AGENT の欄を
見ることで、WebBrowser のモードを確認することが出来ます。

Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load

    WebBrowser1.Navigate("http://www.nagaoka.jrc.or.jp/cgi-bin/env/envcheck.cgi")

End Sub

たとえばこんな感じ。

※『MSIE』が含まれておらず、『rv:11.0』表記があるので、これは IE11 モード
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.2; WOW64; Trident/7.0; rv:11.0) like Gecko

※『MSIE』が 7.0 となっているので、これは IE7 モード
Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 7.0; Windows NT 6.2; WOW64; Trident/7.0; ～～)

その他見分け方については、下記参照。
https://garafu.blogspot.com/2015/01/ie-useragent-2.html


参考までに、らいよんさんのコードを当方で実行してみた結果を貼っておきます。