自己解決

色々試してみたが、page_loadにConfirmを出してもサーバー処理後にメッセージが出るので、post前のonClick or onClientClickで処理するしかないと判断、CommandField、Autogenerateのボタンは使わず、テンプレートタグ内でasp:buttonを定義してonClientClickでConfirmを出すようにした。